Posteriormente, fueron pasando por allí diversas culturas, entre las culturas, fueron los romanos, que lo siguieron utilizando como puerto de abrigo y punto de avituallamiento; y también fueron pasando por las islas muchos navegantes griegos. También durante siglos, fue el lugar de refugio de piratas y contrabandistas.
Inicialmente se les dio el nombre de Ophiusa o Colubraria, debido a las muchas serpientes que allí se encontraban, pero posteriormente se le llamó Columbretes debido a su denominación del latín “Columbraria” (culebras), debido a las numerosas culebras que había en estas islas.
En el siglo XIX se incendió la isla Columbrete Grande para acabar con la plaga de serpientes, y se instaló un faro que mantuvo una población de fareros hasta 1975, año en el que el faro se automatizó. Desde entonces, las islas están habitadas tan sólo por personal perteneciente a los servicios de vigilancia establecidos por la “Generalidat Valenciana” en 1987. Desde el año 1987 la zona está protegida y desde hace diez años, las islas Columbretes se han convertido en uno de los mejores parajes para el buceo de todo el Mediterráneo. Es Reserva Natural desde 1988.
Las islas han sido utilizadas frecuentemente en la literatura de Castellón, y constituyen un activo mitológico de referencia.
